V okolju sta dva vira molibdena

(1) Preperevanje sprošča molibden iz kamnin. Ocenjuje se, da ga 1,000 ton vsako leto vstopi v vodna telesa in tla ter migrira skozi okolje. Neenakomerna porazdelitev molibdena povzroča na nekaterih območjih »bolezni tal in vode« zaradi pomanjkanja molibdena, na nekaterih območjih pa »bolezni protina« (npr. Armenija) zaradi visoke vsebnosti molibdena.
(ii) Širša uporaba molibdena v človeških dejavnostih in sežiganje fosilnih goriv, ​​ki vsebujejo molibden (npr. premog), sta povečala količino molibdena, ki kroži v okolju. Svetovna proizvodnja molibdena je 100,000 ton na leto, 800 ton molibdena pa se vsako leto sežge in sprosti v okolje. Količina molibdena, ki ga v cikel dodajo človeške dejavnosti, presega naravni cikel. Industrije, ki največ uporabljajo molibden, so metalurgija, elektronika, raketna in vesoljska industrija, atomska energija, kemija in kmetijstvo. Onesnaževanje z molibdenom ni dovolj raziskano.

Prenos molibdena v okolju je povezan z oksidacijskimi in redukcijskimi pogoji, kislostjo in bazičnostjo okolja ter vplivom drugih medijev. Bolj kot sta voda in prst oksidativni in alkalni, lažje molibden tvori ione MoO; rastline lahko v tem stanju sprejmejo molibden. Poveča se kislost okolja ali poveča reduktivnost, molibden se zlahka pretvori v kompleksne ione in na koncu tvori MoO; to stanje molibdena zlahka utrdijo koloidi gline in zemlje ter huminska kislina in postane neaktiven ter ga rastline ne morejo absorbirati. V oceanu redukcijsko okolje globokega morja povzroči, da se molibden adsorbira z organskimi snovmi in nato ovije v koloide, ki vsebujejo mangan, sčasoma pa tvori vozliče, ki potonejo na dno morja in se odstranijo iz cikla biosfere.
Molibden ima majhen vpliv na toplokrvne živali in ribe. Visoke ravni molibdena negativno vplivajo na rastline, testi kažejo, da: koncentracija molibdena 0.5 ~ 100 mg / liter, ko bo imela rast lanu različne stopnje vpliva; 10 ~ 20 mg / liter, ko ima rast soje škodljiv učinek; 25 ~ 35 mg / liter, ko je rast bombaža rahlo škodljiva; 40 mg / liter, ko ima rast sladkorne pese škodljiv učinek. Ko koncentracija molibdena v vodi doseže 5 mg/l, bo biološko samočiščenje vode zavrto; pri 10 mg/l bo ta učinek še bolj zavrt, voda pa ima močan trpek okus; pri 100 mg/l se rast mikrobov v vodnem telesu upočasni, voda pa ima grenak okus. Kitajska določa, da je najvišja dovoljena koncentracija molibdena v podtalnici 0,5 mg/l, najvišja dovoljena koncentracija topnega molibdena v zraku v delavnicah je 4 mg/m3; netopni molibden pa 6 mg/m3.