Molibden se lahko uporablja v kmetijskih gnojilih

Kot sestavina gnojil z mikrohranili ima molibden ključno vlogo pri rasti in razvoju rastlin. Spodbuja presnovo dušika v rastlinah in sodeluje pri tvorbi dušikovih encimov ter tako učinkovito absorbira in izkorišča dušik iz zemlje ter pomaga rastlinam pri uspevanju. Poleg tega molibden sodeluje pri sintezi beljakovin, izboljšuje strukturo in delovanje rastlin. S pospeševanjem sinteze antioksidativnih encimov, molibden tudi povečuje prilagodljivost rastlin v neugodnih okoljih in povečuje odpornost na nesreče. Dodatek molibdena ne le izboljša pridelek in kakovost pridelka, ampak pomaga tudi pri preprečevanju bolezni rastlin. Ker je molibden eden nepogrešljivih in nenadomestljivih elementov v sledovih v rastlinah, nekateri proizvajalci uporabljajo amonijev molibdat kot element v sledovih, ki ga dodajajo gnojilom, da bi izboljšali odpornost rastlin na sušo, mraz in bolezni.